Buenos dias @MEBC y bienvenido a la comunidad de KNIME !
Si es posible. Le adjunto aqui el enlace de otra consulta en la cual se hizo la misma pregunta:
Como descrito por @bruno29a en ese enlace, hay varias maneras de ejecutar flujos de manera programatica de forma regular o a una hora precisa si necesario.
Me imagino que no le supone ningun problema seguir la informacion en ingles. Sino, diganoslo y le ayudaremos en castellano.
Saludos,
Ael